На территории Сальвадора также выращивали какао. Как уже говорилось выше, в погребённом около 600 г. под пеплом вулканического извержения городе Хойа-де-Серен обнаружены свидетельства культивации деревьев какао. Спустя почти тысячелетие испанские хронисты в 1532 и 1548—1551 гг. отмечали выращивание какао в том же регионе — долине Сапотитане.
Однако основным центром выращивания какао в Сальвадоре был регион Исалько, в 25 километрах к юго-западу от Хойа-де-Серен. Согласно колониальным данным, он был вторым по объёмам выплат испанцам какао после гватемальского региона Сучитепек (13 из 15 городов платили подать какао-бобами). Каждый год четыре основных центра выплат (Исалько, Калуко, Наолинго и Такускалько) поставляли 25 тысяч килограмм какао (3085 шикипилей = 24,68 млн. какао-бобов)13. Данный регион по большей части контролировался этнической группой пипиль, которая в постклассический период мигрировала сюда из Центральной Мексики (ок. 1200 г.). У пипилей употребление какао было ограничено элитой и воинами (что характерно для народов Центральной Мексики).
Молодое дерево какао с только что открывшимся цветком, которое было засыпано пеплом из вулкана Лома-Кальдера. Это древнейшее «сохранившееся» дерево какао. Оно было обнаружено к югу от Строения 4, рядом со складом Домохозяйства 4, внутри которого находились сосуды с какао. Фото: Пэйсон Шитс (вёл раскопки в 1976 году)
В колониальный период Исалько привлёк внимание многих энкомендеро и торговцев. В 1567—1568 гг. начался какао бум, благодаря которому удалось профинансировать строительство двух роскошных церквей — Ла Асунсьон в Исалько и Сан-Педро и Сан-Пабло в Калуко — обе были разрушены мощным землетрясением Санта-Марта в 1773 году и окончательно уничтожены землетрясением в Сальвадоре 2001 года. К сожалению, идиллия длилась не вечно — местное индейское население испытало четыре волны сильных эпидемий (три из них произошли в период с 1520 по 1577 гг.) и сильно сократилось. Сады страдали от того, что за ними плохо следили (во многих случаях это делать было просто некому), также их вытаптывал крупный рогатый скот; ирригационные каналы были запущены, почва истощилась, картину довершали негативные воздействия ветра, насекомых и изменения климата.